Операционное отделение на базе педиатрического корпуса СОКБ им. В.Д. Середавина открыто в 1994 году когда были организованы детские специализированные хирургические отделения (урологическое, стоматологическое и нейрохирургическое). Возглавлял отделение Соколов Олег Викторович. Отделение на момент открытия включало в себя три операционных зала. В дальнейшем отделением руководили такие хирурги, как В.П. Вандышев, С.С. Терехин.